Tiền thân của Khoa Đóng tàu,Trường Đại học Hàng hải Việt Nam là Tổ Tàu thủy thuộc Khoa Cơ Khí, Trường Đại học Giao thông Vận tải, được thành lập từ năm 1962. Tổ môn gồm các thầy: Đào Vũ Hùng, chủ nhiệm bộ môn, kỹ sư đóng tàu(được đào tạo tại Liên Xô); Nguyễn Hữu Tố, kỹ sư vỏ tàu (được đào tạo tại Ba Lan); Đặng Hộ và Trần Phương, kỹ sư máy tàu (được đào tạo tại Trung Quốc). Sau đó được bổ sung các thầy: Hồ Xuân Trí (được đào tạo tại Ba Lan), Nguyễn Văn Nhị, Trần Đức Độ, Thời Liệu (được đào tạo tại Liên Xô).
Nhiệm vụ ban đầu của Bộ môn Tàu thủy là xây dựng mục tiêu đào tạo và lập kế hoạch giảng dạy cho hai ngành học: ngành Thiết kế đóng mới và sửa chữa thân tàu thủy (gọi tắt là ngành vỏ tàu) và ngành Thiết kế mới và sữa chữa hệ thống động lực tàu thủy (gọi tắt là ngành Máy tàu). Bộ môn có nhiệm vụ theo dõi, quản lý học tập của các lớp vỏ tàu và Máy tàu Khóa 3, là khóa đầu tiên đào tạo các kỹ sư trong nước ngành Cơ khí - Đóng tàu.
Ngoài giảng dạy chuyên ngành, các giáo viên của Bộ môn Tàu thủy còn có nhiệm vụ giảng dạy các môn liên quan cho các ngành khác như Vận tải thủy và Vận tải biển.
Sinh viên Khóa 3 nhập trường ngày 15/8/1962, gồm có 71 sinh viên, trong đó lớp Vỏ tàu có 27 sinh viên và lớp Máy tàu có 44 sinh viên. Năm 1966, 24 kỹ sư vỏ tàu và 39 kỹ sư Máy tàu Khóa 3 tốt nghiệp. Một số trong đó đã ở lại trường làm cán bộ giảng dạy như các thầy giáo: Nguyễn Bân, Hồ Trọng Tuy, Nguyễn Văn Phiêu, Thẩm Vũ Đức, Nguyễn Hữu Tiến, Phạm Ngọc Vân, Võ Hữu Tập, Trần Lê Bình, Nguyễn Phúc Liệu, Hoàng Ngọc Hữu. Nhiều người là tấm gương sáng cho các thế hệ sinh viên như ông Đoàn Văn Líu,...
Từ năm 1966, Khoa Cơ khí - Đóng tàu có một địa điểm vừa học vừa làm cho sinh viên vỏ tàu và Máy tàu tại Lĩnh Nam, huyện Thanh Trì, Hà Nội. Ngoài giờ học trên lớp, sinh viên xuống xưởng đóng và sửa chữa tàu Thanh Trì để tìm hiểu và thực hành chuyên môn.
Năm học 1966-1967 (Khóa 7), Khoa Cơ khí - Đóng tàu có thêm ngành học mới. đó là ngành Máy xếp dỡ; Năm 1967-1968 (Khóa 8), Khoa Cơ khí - Đóng tàu bổ sung thêm ngành học Đóng tàu sông.
Năm 1968, Phân hiệu Đại học Đường thủy được chính thức thành lập, địa điểm tại Hải Phòng. Thời gian đầu, thầy giáo Hồ Xuân Trí, Phó phân hiệu trưởng kiêm Trưởng khoa Cơ khí. Khoa Cơ khí của Phân hiệu Đại học Đường thủy được thành lập, thầy giáo Trần Đức Độ được bổ nhiệm làm Chủ nhiệm khoa với 4 ngành học: vỏ tàu, Máy tàu, Máy xếp dỡ và Đóng tàu sông.
Từ năm 1972, Khoa Cơ khí theo Phân hiệu Đại học Giao thông Đường thủy về trụ sở chính tại Phương Lưu, Hải Phòng và chủ nhiệm khoa thời kỳ này là thầy Trần Đức Độ. Năm 1974 TS. Nguyễn Văn Nhị được bổ nhiệm làm chủ nhiệm khoa. Từ năm 1978, chủ nhiệm khoa là kỹ sư Nguyễn Bân và từ năm 1981 là PGS. TS. Lê Xuân Ôn. Trong thời kỳ này, học sinh cùng các thầy côtham gia lao động sản xuất kết hợp theo chỉ thị 222 của Thủ tướng Chính phủ ở nhiều nơi trong nửớc như đóng tàu tại Hà Bắc, Tuyên Quang, tại thành phố Hồ Chí Minh và tham gia sửa chữa tàu của Nhà trường. Nhiều đề tài NCKH đã được triển khai như các đề tài nghiên cứu cấp Bộ "Sử dụng vật liệu phi kim loại làm bạc trục chân vịt" và các đề tài nghiên cứu cấp nhà nước thuộc chương trình 34-02 và tham gia xây dựng quy phạm kết hợp với Đăng kiểm Việt Nam.
Năm 1984 Trường Đại học Giao thông Đường thủy sáp nhập với Trường Đại học Hàng hải, PGS. TS. Trương Sỹ Cáp là Phó Hiệu trưởng kiêm chủ nhiệm Khoa Cơ khí thuộc Trường Đại học Hàng hải.
Từ năm 1991, PGS. TS. Phạm Tiến Tỉnh Phó Hiệu trưởng kiêm chủ nhiệm Khoa.
Từ năm 1996, PGS. TS Nguyễn Vĩnh Phát. Từ năm 2005 đến 2010, chủ nhiệm khoa là GS.TS Lê Viết Lượng.
Năm 2010, do yêu cầu phát triển của Ngành công nghiệp Đóng tàu cũng như sự phát triển của Nhà trường, Khoa Cơ khí – Đóng tàu được tách ra thành Khoa Cơ khí và Khoa Đóng tàu, PGS.TS Lê Hồng Bang làm trưởng khoa Đóng tàu.
Từ năm 2014 đến năm 2023, PGS.TS. Đỗ Quang Khải giữ chức vụ trưởng khoa.
Từ tháng 08/2023, TS. Lê Thanh Bình - Phó trưởng khoa phụ trách khoa.
Từ tháng 11/2024, PGS. TS. Trần Ngọc Tú giữ chức vụ trưởng khoa.
Chương trình đào tạo của Khoa đã khẳng định chất lượng đào tạo qua lịch sử phát triển lâu dài cùng thiết kế khoa học trên cơ sở khảo sát yêu cầu nghề nghiệp và nhu cầu tuyển dụng của doanh nghiệp, phù hợp với các chương trình đào tạo trên thế giới. Khoa Đóng tàu đã đào tạo được hơn 12000 kỹ sư và hơn 400 thạc sĩ, tiến sĩ, các nhà khoa học, quản lý, kỹ thuật phục vụ cho ngành kinh tế biển nói chung và ngành đóng tàu nói riêng.
Qua hơn 60 năm xây dựng và trưởng thành, các thế hệ thầy và trò Khoa Đóng tàu đã vinh dự đón nhận các phần thưởng cao quý của Nhà nước, của Chính phủ, của các Bộ, các Tổ chức, các Ban, Ngành Trung ương và Thành phố Hải Phòng:
■ Huân chương lao động hạng nhì.
■ Huân chương lao động hạng ba.
■ 05 Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.
■ 13 Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải.
■ 06 Bằng khen của UBND Thành phố Hải Phòng.
■ 07 Bằng khen của Liên đoàn lao động Thành phố Hải Phòng.
■ 11 Bằng khen của Trung ương Đoàn, Thành Đoàn Hải Phòng.
■ 01 Nhà giáo Nhân dân.
■ 05 Nhà giáo ưu tú.